MI-Lab Übung 05 Datenanalyse

Analysen medizinischer Datensätze

Datenanalysen sind das Herzstück datengetriebener Wissenschaft. Sie dienen einerseits zum Testen eigener Forschungshypothesen und andererseits zur Überprüfung publizierter Ergebnisse. Ziel der Übung ist es, Studierende mit Inhalten und Werkzeugen für die Durchführung einzelner Analysen vertraut zu machen. Dazu sollen mehrere aufeinander aufbauende Abfragen mit steigendem Schwierigkeitsgrad auf einen medizinischen Datensatz vorbereitet und die Ergebnisse diskutiert werden. Danach sollen die Studierenden eigene Analysen anhand natürlichsprachlicher Fragestellungen formulieren. Zuletzt soll in einem Komplexbeispiel die Analyse eines wissenschaftlichen Papers nachvollzogen und die Ergebnisse verglichen werden (Baseline-Charakteristiken, Überlebenskurven). Optional soll nach Maßgabe vorhandener Ressourcen ein Szenario für verteilte Analysen erstellt und umgesetzt werden, um die Probleme von Forschern bei der Nutzung von Datenbeständen ohne direkten Zugriff exemplarisch aufzuzeigen. Mögliche Werkzeuge hierfür sind tranSMART oder i2b2 von Harvard für lokale Analysen und DataSHIELD oder Personal Health Train für verteilte Analysen.