MI-Lab Übung 02 CSV-to-FHIR

Medizinische Daten sind im Allgemeinen in dem Informationssystem gespeichert, welches die primäre Erfassung übernimmt. Sie befinden sich in einer Datenbank und können ggf. exportiert werden. Für eine übergreifende Nutzung haben sich Common Data Models wie OMOP oder HL7 FHIR etabliert. Ziel der Übung ist es, die Studierenden mit dem Prozess und den Schwierigkeiten der Überführung eines lokalen Datenkörpers in HL7 FHIR vertraut zu machen. Darunter fallen Fragen der Abbildung und Transformation der lokalen Attribute in das Zielformat wie auch die Auswirkungen und Behandlung von Fehlern in unsauberen Datensätzen. Ein mögliches Werkzeug hierfür ist das FAIR4Health Data Curation Tool oder die ETL-Strecke des Datenintegrationszentrums Köln mit Mirth Connect.