MI-Lab Übung 01 Annotierung

Ziel der Übung ist es, Studierende mit der Notwendigkeit der Nutzung medizinischer Terminologien vertraut zu machen und ihnen gleichzeitig die Problematik der Annotierung von Datenelementen aus Erhebungen mit Konzepten aus internationalen Wissensbasen wie bspw. LOINC oder SNOMED CT zu verdeutlichen. Dies umfasst den Vorgang der eigentlichen Kodierung, das Finden eines passenden Codes, die Navigation in der Hierarchie der Terminologie, die Festlegung der Güte des Mappings oder die Konfidenz des Annotators in die Abbildung. Anhand eines kurzen Datenkatalogs mit Datenelementen aus verschiedenen medizinischen Domänen wie Krankheiten, Laborwerten oder Medikation wird die Annotation durchgeführt. Die Lösungen werden anschließend diskutiert, Best Practices und Pitfalls vorgestellt. Ein mögliches Werkzeug hierfür ist die NFDI4Health Annotation Workbench.